「有給休暇を取った日は勤務時間に入れる、入れない？」

結論からお話しすると、有給休暇を取得した日は勤務時間に含めずに給与計算を行います。わかりやすくするために以下の例で考えてみます。
【前提】
時間給　１,０００円
勤務時間　月曜日～金曜日で１日８時間勤務
土曜日　法定外休日
日曜日　法定休日

【ケース１】
月曜日～金曜日まで出勤
土曜日　出勤
この場合、月曜日から金曜日までの実労働時間４０時間となるため、土曜日の８時間は全て割増賃金（１２５％）の対象となります。よってこの週の給与は、４０時間×１,０００円＋８時間×１,０００円×１.２５＝５０,０００円となります。

【ケース２】
月曜日～木曜日まで出勤
金曜日　有給休暇
土曜日　出勤
この場合、月曜日から木曜日までの実労働時間３２時間となり、土曜日の８時間は全て法定労働時間内の労働時間となるため、割増賃金の対象にはなりません。ただし、有給休暇を取得した日は所定労働時間には含めるため、土曜日の８時間は法定内残業として１００％で計算した給与を支給する必要はあります。よってこの週の給与は、３２時間×１,０００円＋８時間×１,０００円×１.００＋８,０００円＝４８,０００円となります。

ポイントとなるのは有給休暇を所得した日の労働時間は勤務時間には含まれないということです。